Los orígenes de la escuela se remontan a los años 1920, en donde se organiza en la zona próxima a La Boca, isla de Marchi, un taller de oficios relacionado con las actividades del puerto y embarcaciones fluviales.
El 8 de noviembre de 1942, cuando bajo la Presidencia de Ramón S. Castillo se creó la “Escuela de Aprendices”, con el objeto de satisfacer las necesidades de personal de su plantel flotante constituido por transportes fluviales, remolcadores, dragas y balizadores, como así también para el resto de los buques de la marina mercante. Dependía del Ministerio de Obras y Servicios Públicos de la Nación.
En el año 1971 se cambió su denominación por el de “Escuela Nacional de Cabotaje Fluvial”.
En el año 1981 pasó a depender de la Armada Argentina con el nombre de “Escuela Nacional Fluvial” y con la función general de seleccionar, incorporar y formar intelectual, profesional, moral y físicamente al personal de alumnos que a su egreso se desempeñará en la marina Mercante Argentina en los empleos de Oficiales Fluviales y de Conductores de Máquinas Navales, y de seleccionar y capacitar al personal de la Marina Mercante para el ascenso a los títulos previstos en el Reglamento de Formación y Capacitación del Personal Embarcado de la Marina Mercante.
A partir del año 1999 se amplió la oferta educativa del Instituto al elevar sus planes de estudio al nivel Polimodal, aprobados en la Modalidad de Producción de Bienes y Servicios por Resolución 847 del Ministerio de Educación, Ciencia y Tecnología de la Nación (18 de septiembre del año 2002).
Desde noviembre del año 2001 lleva el nombre de “Escuela Nacional Fluvial Comodoro Antonio Somellera”.
Desde el año 2009, se ha elevado el nivel profesional de los títulos de "Oficial Fluvial" y "Conductor de máquinas navales", en razón de los avances tecnológicos del ámbito laboral (Disp. VVNN 21/09), y a partir del 2011, los egresados reciben además la titulación de Técnico superior en transporte fluvial y técnico superior en máquinas navales respectivamente. (Resol. Min. Educ. 290/11)
Después de 10 años de ocupar otras sedes, la escuela reanudó sus actividades en sus instalaciones originales, remodeladas y modernizadas. La reinauguración de la E.S.N.F se llevó a cabo el día 5 de mayo del año 2009. Asistieron a la misma la presidente de la república Argentina, Dra. Cristina Fernandez de Kirchner, la ministra de defensa Nilda Garré y el jefe del Estado Mayor General de la Armada, almirante Jorge Omar Godoy.
